Возрождённый Ханзо становится участником турнира «Смертельная битва», организованного некромантом Куан Чи, стремясь к мести за свою утрату. В этом контексте, Рейден, бог грома и защитник Земного Царства, оказывает поддержку Лю Кану и его команде, состоящей из Джонни Кейджа и Сони Блейд, в их подготовке к турниру.

Джонни Кейдж осознаёт реалистичность происходящего, когда одерживает победу над Баракой, что является ключевым моментом в его понимании серьёзности ситуации. Соня Блейд успешно нейтрализует Рептилию, в то время как Лю Кан сдаётся Китане, демонстрируя стратегическую гибкость в условиях конфликта.

Кано, лидер клана Чёрного Дракона, предпринимает попытку остановить героев, однако его усилия оказываются тщетными перед лицом объединённой силы Джонни, Сони и Скорпиона, который уничтожает его людей и вступает в смертельный поединок с Саб-Зиро. В ходе этой схватки они оба падают в яму с шипами, что символизирует их взаимное уничтожение.

Куан Чи раскрывает свою манипулятивную роль в убийстве клана Ханзо, что становится ключевым моментом в понимании мотивов и действий некроманта. Джонни и Соня предпринимают героические усилия по спасению Джакса, а Лю Кан одерживает победу над Горо с помощью Скорпиона, который, несмотря на свои амбиции, берёт Шан Цзуна в заложники и отказывается от победы, позволяя Лю Кану одержать верх.

Шан Цзун, осознав угрозу, покидает арену и возвращается во Внешний Мир, в то время как остров разрушается, символизируя окончание турнира. Скорпион, несмотря на поражение, продолжает свою борьбу, избивая Куан Чи, что подчёркивает его непреклонность в стремлении к возмездию.

Шао Кан, император Внешнего Мира, приказывает Шан Цзуну готовиться к вторжению в Земное Царство, что предвещает новые испытания и конфликты в будущем.

Тем временем Шиннок попросил Скорпиона добыть артефакт Камидогу, но тот отказался и сбежал из ада. Грандмастер Лин Куэй вызвал Смоука и Саб-Зиро младшего и приказал им поймать Скорпиона. Он показал, что Сайракса и Сектора превратил в киборгов. Попытка сбежать из храма удалась только Саб-Зиро, а Смоука захватили и сделали киборгом.

Защитники Земного Царства прибыли во Внешний Мир и начали турнир. Джонни Кейдж проиграл Ди’Воре, Лю Кан победил Джейд, Страйкер одолел Бараку, Соня — Ли Мэй, Джакс оторвал Кинтаро руки. Первый день турнира завершился.

Киборги, ведомые местью Саб-Зиро за убитого брата, поймали Скорпиона. Они добрались до храма с артефактом Камидогу и открыли двери. Саб-Зиро заморозил киборгов и вошёл внутрь. Скорпион встретился с ним и объяснил, что убил брата по ошибке. Саб-Зиро напал, но Скорпион убедил его объединиться против общего врага.

На второй день турнира Соня нокаутировала Ди’Вору в отместку за Джонни. Шан Цзун убил Страйкера, а Шао Кан разорвал на куски Кун Лао. Рэйден проиграл Китане, которая, увидев жестокость отца, предала его. Шао Кан взял её в плен и сразился с Соней, победив её. Лю Кан победил Шан Цзуна. Грандмастер и киборги доставили Шинноку артефакт, и он раскрыл планы: призвать Единую Сущность для уничтожения миров. Поняв ошибку, грандмастер безуспешно попытался остановить его. Шао Кан убил Рэйдена. Лю Кан в ярости одолел Шао Кана, и Старшие Боги наделили его божественной силой.

Когда Шиннок слился с Единой Сущностью, миры начали сливаться. Лю Кан превратился в змееподобного дракона. Воинам Земли, с помощью Скорпиона и Саб-Зиро, удалось победить демонов Шиннока. Лю Кан нанёс ему фатальный удар и уничтожил Единую Сущность. Триумфаторы вернулись на арену. Лю Кан и Китана подтвердили свои чувства, а Соня поцеловала Джонни. На победителей смотрел таинственный тёмный силуэт, напоминающий выжившего Рэйдена.

Легенда о клинке Сонто пробуждает в молодом человеке стремление обрести его и стать полноправным владельцем этого невероятного оружия. Рассказ, поведанный таинственным Сонгом застигают его отправиться в путешествие. Кенши отлично сознает, что за такое оружие ему придется платить. Оно не может принадлежать рядовому воину. Сонг сопроводил своего товарища в пещеру. Именно там Кенши поднял клинок и завладел им. Но, отважный воин не был готов к тому, что из-под земли поднимется вихрь из духов и ослепит его.

Зловещий колдун Шан Цунг не просто так привел сюда воина и скрыл свою истинную сущность. Он хотел при помощи великого потомка королей освободить души своих предков. Теперь Кенши выполнил свою миссию, и он должен быть уничтожен. Колдун не подумал, что сила королей, заключённая в нем поможет ему выжить и отомстить.